Бохимики научились искать мутантные раковые белки
Российские ученые из МФТИ и других институтов представили алгоритм для обнаружения в клетках мутантных белков.
Изучение мутантных белков поможет найти «слабые места» опухолевых клеток и разработать более эффективные лекарства.
Мутации в ДНК приводят к тому, что появляются белки не с теми аминокислотами, которые должны быть в норме. Такие белки с заменами аминокислот могут привести к развитию раковой опухоли.
Обычно мутантные белки ищут с помощью масс-спектрометрического анализа. Ученые определяют точную массу молекул и их химический состав, а потом программа сравнивает полученные результаты масс-спектрометрии с базой данных белков всего организма.
Но если аминокислотная последовательность белка отличается от того, что прописано в базе данных «эталонных» белков, его не найти таким способом: невозможно идентифицировать в раковой клетке белок с мутацией, если его нет в базе данных. Поэтому ученые разработали алгоритм, который для анализа использует не только базы данных белков, но и базы данных генома исследуемых клеток: ученые добавили в «словарь» белков последовательности, которые отличаются от исходных на одну или несколько аминокислот.
Для проверки работы своей системы исследователи использовали геномную базу данных клеточной линии HEK-293, полученной из человеческого эмбриона. HEK-293 — модельная культура клеток человека со множеством мутаций, которую часто используют в исследованиях.
По данным анализа ученые определили, какие белки или их фрагменты содержатся в клетках HEK-293, и нашли мутации белков, для некоторых из которых ранее была показана связь с различными типами рака. Ученые надеются, что новый подход поможет изучить белковый состав опухолей и разработать препараты, нацеленные на мутантные белки опухолевых клеток.
Результаты исследования опубликованы в журнале Proteomics.
